dr Takao Ishikawa

W grupie badawczej prowadzi się badania polegające na poszukiwaniu enzymów zakodowanych w metagenomach arktycznych, które wykazują dużą aktywność w stosunkowo niskich temperaturach. Celem tych badań jest uzyskanie homogennych preparatów enzymów użytecznych w różnych gałęziach przemysłu.
Wykorzystywane są techniki bioinformatyczne, mikrobiologiczne i szeroki wachlarz technik biologii molekularnej.

Od października 2023 r. do września 2024 r. projekt pt. "Poszukiwanie celulaz i pektynaz z psychrofilnych bakterii arktycznych na potrzeby rolnictwa regeneracyjnego" jest finansowany z IDUB Nowe Idee 3B w Priorytetowym Obszarze Badawczym I.

Od września 2024 r. przez okres 4 lat projekt będzie finansowany z grantu NCN pt. "Poszukiwanie i wykorzystanie bakterii psychrotolerancyjnych i nowych enzymów przystosowanych do niskich temperatur w rolnictwie regeneracyjnym". Ośrodkiem wiodącym w przyznanym grancie jest Uniwersytet Gdański (prof. dr hab. Tadeusz Kaczorowski).
Budżet projektu to 3 082 330 PLN, w tym dla badań realizowanych na Wydziale Biologii UW zarezerwowano kwotę w wysokości 1 534 150 PLN.

Praca licencjacka Alberta Roethla pt. "BioS2Net: holistyczna, sekwencyjno-strukturalna analiza biomolekuł z wykorzystaniem metod głębokiego uczenia" została opublikowana jako artykuł naukowy w czasopiśmie International Journal of Molecular Sciences.

Roethel A., Biliński P., Ishikawa T. (2022) BioS2Net: Holistic structural and sequential analysis of biomolecules using a deep neural network. Int. J. Mol. Sci., 23(6):2966. [HTML]

W laboratorium prowadzi się prace nad prionami u drożdży Saccharomyces cerevisiae.
Jeden z kierunków badań obejmuje tworzenie sztucznych prionów u drożdży S. cerevisiae, które mają zastosowanie jako model służący do badania związków chemicznych o aktywności anty-prionowej.

Decyzją Narodowego Centrum Nauki z dnia 4 grudnia 2019 r. projekt pt. Release and glow: dwuskładnikowy system oparty o drożdże Saccharomyces cerevisiae do ilościowych badań przesiewowych związków o aktywności antyprionowej, został zakwalifikowany do finansowania (projekt nr 501/66 GR-6220).

Projekt uzyskał w 2018 r. finansowane z grantu Uniwersyteckiego Ośrodka Transferu Technologii pt. Udoskonalenie prototypu drożdżowego systemu do badań przesiewowych związków o aktywności antyprionowej w poszukiwaniu leku na śmiertelne choroby neurodegeneracyjne.

Wyniki prowadzonych badań zostały opublikowane w publikacjach:

• Ishikawa T. (2021) Saccharomyces cerevisiae in neuroscience: how unicellular organism helps to better understand prion protein?
• Ishikawa T., Lisiecki K. (2020) Anti-prion drug screening system in Saccharomyces cerevisiae based on an artificial [LEU2+] prion.

Obecnie przygotowywana jest kolejna publikacja z udziałem studentek i studentów, którzy będą jej współautorami.

Prace prowadzone w grupie z udziałem studentek i studentów zostały także zaprezentowane na międzynarodowych konferencjach naukowych:

• Małecki P., Woźniak A., Ishikawa T. (2020) Anti-prion drug screening system based on split GFP and mCherry fluorescent proteins expressed in the yeast Saccharomyces cerevisiae. 43rd annual meeting of the Molecular Biology Society of Japan (on-line conference), December 2-4, 2020
• Ishikawa T., Prażmo E. (2018) Release and glow: application of split green fluorescent protein to anti-prion drug screening system in Saccharomyces cerevisiae, 41st annual meeting of the Molecular Biology Society of Japan, Yokohama, Japan, November 28-30, 2018
• Ishikawa T., Kruszyńska D., Szewczyk M. (2015). Evaluation of anti-prion drugs by Saccharomyces cerevisiae expressing artificial prion. EMBO Young Scientists Forum, Warsaw, Poland, July 2-3, 2015.
• Ishikawa T., Lisiecki K. (2014). Anti-prion drug screening system based on artificial prions in Saccharomyces cerevisiae. 37th annual meeting of the Molecular Biology Society of Japan, Yokohama, Japan, November 25-27, 2014.

Praca licencjacka mgr. Kamila Lisieckiego, który wykonał pracę w mojej grupie, została wyróżniona w konkursie Złoty Medal Chemii (2013) zorganizowanym przez Instytut Chemii Fizycznej PAN. Część pracy licencjackiej została także opublikowana w artykule przeglądowym:
Lisiecki K. (2013) Molekularny Dr Jekyll i Mr Hyde. Edukacja Biologiczna i Środowiskowa 46(2):23-32.